Летняя школа по биоинформатике собрала начинающих исследователей в области генетики, медицины, информатики

Фото: www.ifmo.ru
В конце июля в Петербурге состоялась четвертая Летняя школа по биоинформатике для студентов и молодых ученых. На событие съехались 100 участников из университетов по всей России. В течение пяти дней они работали над научными проектами, выступали на конференции с докладами, слушали лекции российских и зарубежных ученых-профессионалов. В этом году программа школы была сосредоточена на крайне актуальной теме – медицинской биоинформатике.

Школа была организована Институтом биоинформатики и Санкт-Петербургским Академическим университетом РАН. Сегодня технологии секвенирования развиваются и становятся все более доступными для применения в медицине, в частности, для ранней диагностики наследственных заболеваний и разработки лекарственных препаратов. Однако специалистов, способных обрабатывать и грамотно интерпретировать данные секвенирования, не хватает. Таким образом, с помощью Летней школы студенты могут узнать о последних новостях в области биоинформатики, познакомиться с методиками исследовательской работы в этой сфере, получить начальные навыки по решению практических задач в медицине и биологии.

Мероприятие стало самым масштабным в России в этой области. В нем приняли участие молодые ученые не только из РФ, но и из стран ближнего зарубежья. Более 20 человек получили гранты на обучение в Летней школе от спонсоров, в том числе студенты Университета ИТМО. 

Программа летней школы была рассчитана на людей, которые недавно стали заниматься биоинформатикой. Те, кто вообще ничего не знал в этой области до поездки на школу, могли заранее получить базовые знания по биологии и генетике с помощью специального онлайн-курса. Программа была разделена на две части в соответствии с компетенциями участников: один поток студентов занимался математикой и информатикой, другой – биологией и медициной. Группа медиков и биологов изучала программирование, статистику и методы анализа данных секвенирования, а группа математиков и информатиков изучала молекулярную биологию и генетику, а также методики применение машинного обучения в биоинформатике. Занятия проводились параллельно для двух групп участников в течение всей школы.

Молодые ученые, которые хотели полностью погрузиться в научную работу, смогли принять участие в разработке реальных проектов, которые были рассчитаны на разный уровень подготовки исследователей. Например, участники школы разрабатывали алгоритмы оценки соотношения раковых клеток к здоровым по сканам человеческой грудной ткани. Исследователи должны были выбрать лучшую методику для автоматического определения количества раковых клеток. В рамках другой научной работы начинающие ученые могли получить знания по методикам секвенирования генома, а том числе тех, которые подразумевают «расшифровку» только тех участков ДНК, которые кодируют белки. Именно в этой части генома мутации могут иметь самые тяжелые последствия для здоровья человека. Также участники школы узнали о методиках машинного обучения для определения аутоиммунных антител, которые приводят к одноименным заболеваниям. Эти заболевания, в свою очередь, сегодня связывают с возникновением болезни Альцгеймера. Анализ антител в сыворотке крови является перспективной диагностикой болезни. Разработчики этого проекта стали победителями конкурса в рамках Летней школы. Также участники занимались научной работой и по другим научным тематикам. Руководителями разработок выступали ведущие мировые ученые.

В качестве лекторов на школу были приглашены ученые из разных областей биоинформатики, медицины и биологии. Например, Елена Григоренко (Baylor College of Medicine, Yale University, University of Houston) рассказала об использовании разных типов полногеномного секвенирования для изучения типичных (нейротипичных) и нетипичных (нейронетипичных) траекторий развития. Андрей Афанасьев (CEO iBinom, сотрудник лаборатории функционального анализа генома МФТИ) выступил на летней школе сразу с несколькими лекциями о современном состоянии биоинформатического рынка и направлениях его развития, о биоинформатике в медицине. Дмитрий Фишман   (University of Tartu, Estonia) прочитал лекцию о работе мозга, о том, как обрабатываются различные сигналы от внешнего мира и как происходит принятие решений на основании полученной информации, об эволюции методов машинного обучения в изучении мозга и о применении Deep Learning в биоинформатике. Также на школе выступили Алла Лапидус (научный советник Института биоинформатики), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Александр Предеус (Институт биоинформатики) и другие ученые.

Также для участников школы прошла однодневная научная конференция. Студенты, аспиранты, сотрудники компаний выступили с докладами о молекулярном атласе человека, о возможностях компьютерного моделирования на основе нейронной сети, проанализировали влияние генетических факторов и курения на риск развития инфаркта миокарда с возрастом и многое другое.

В 2016 году школу поддержали компании JetBrains, BIOCAD, EPAM и Parseq Lab – резидент Технопарка Университета ИТМО. Четвертый год подряд мероприятие поддерживает «Российская венчурная компания», которая, в том числе, развивает проекты в области геномики и системной биологии. Университет ИТМО совместно с Институтом биоинформатики организует выездные семинары по системной биологии.

Наталья Блинникова ,

Редакция новостного портала Университета ИТМО

 
По теме
О готовности  общеобразовательных учреждений Санкт-Петербурга к новому учебному году На контроле Управления Роспотребнадзора  по городу Санкт-Петербургу находится  911  общеобразовательных учебных заведений,
16.08.2018
Европейский университет начнет приемную кампанию 21 августа - Moika78.Ru Европейский университет в Петербурге. Фото: Baltphoto/Валентин Егоршин Европейский университет в Санкт-Петербурге начнет приемную кампанию 21 августа, сообщила "Мойке78" руководитель аппарата ректора Алла Самолетова.
16.08.2018
 
 
Спасатели из Армении повысили свою квалификацию - СПбУ ГПС МЧС России В Санкт-Петербургском университете ГПС МЧС России завершилось обучение группы сотрудников МЧС Республики Армения по программе «Подготовка инструкторов – кинологов минно-розыскной объектовой службы» Обучение по програм
16.08.2018
Делегация из Вьетнама - СЗГМУ им. И.И. Мечникова Делегация из Вьетнама Сегодня 16.08.2018г. наш Университет посетила делегация из Вьетнама.
16.08.2018 СЗГМУ им. И.И. Мечникова
Спасатели из Армении повысили свою квалификацию - СПбУ ГПС МЧС России В Санкт-Петербургском университете ГПС МЧС России завершилось обучение группы сотрудников МЧС Республики Армения по программе «Подготовка инструкторов – кинологов минно-розыскной объектовой службы» Обучение по програм
16.08.2018 СПбУ ГПС МЧС России
Корреспондент "КП" побывала на кладбище, где похоронили мужчину Василиса НИКОЛАЕВА Кладбище «Вешки» Мытищинского района находится в нескольких километрах от МКАД по Осташковскому шоссе в элитном коттеджного поселке.
16.08.2018 Комсомольская правда
Станислав Купцов Они были сделаны за несколько месяцев до преступления В июле в подъезде дома на Алтуфьевском шоссе был обнаружен труп мужчины с большим количеством колото-резаных ран груди и шеи.
16.08.2018 Metro Петербург
Семак восхитился болельщиками "Зенита" - Moika78.Ru Главный тренер "Зенита" Сергей Семак. Фото: Baltphoto/Андрей Пронин Главный тренер "Зенита" Сергей Семак назвал героической победу сине-бело-голубых над минским "Динамо".
17.08.2018 Moika78.Ru
Сине-бело-голубые показали фантастическую игру и получили шанс играть дальше в Лиге Европы [фото, видео] Ирина СЕБЕЛЕВА К этому матчу все: и болельщики, и сами футболисты подходили в смешанных чувствах.
16.08.2018 Комсомольская правда
Семак восхитился болельщиками "Зенита" - Moika78.Ru Главный тренер "Зенита" Сергей Семак. Фото: Baltphoto/Андрей Пронин Главный тренер "Зенита" Сергей Семак назвал героической победу сине-бело-голубых над минским "Динамо".
17.08.2018 Moika78.Ru