Летняя школа по биоинформатике собрала начинающих исследователей в области генетики, медицины, информатики

Фото: www.ifmo.ru
В конце июля в Петербурге состоялась четвертая Летняя школа по биоинформатике для студентов и молодых ученых. На событие съехались 100 участников из университетов по всей России. В течение пяти дней они работали над научными проектами, выступали на конференции с докладами, слушали лекции российских и зарубежных ученых-профессионалов. В этом году программа школы была сосредоточена на крайне актуальной теме – медицинской биоинформатике.

Школа была организована Институтом биоинформатики и Санкт-Петербургским Академическим университетом РАН. Сегодня технологии секвенирования развиваются и становятся все более доступными для применения в медицине, в частности, для ранней диагностики наследственных заболеваний и разработки лекарственных препаратов. Однако специалистов, способных обрабатывать и грамотно интерпретировать данные секвенирования, не хватает. Таким образом, с помощью Летней школы студенты могут узнать о последних новостях в области биоинформатики, познакомиться с методиками исследовательской работы в этой сфере, получить начальные навыки по решению практических задач в медицине и биологии.

Мероприятие стало самым масштабным в России в этой области. В нем приняли участие молодые ученые не только из РФ, но и из стран ближнего зарубежья. Более 20 человек получили гранты на обучение в Летней школе от спонсоров, в том числе студенты Университета ИТМО. 

Программа летней школы была рассчитана на людей, которые недавно стали заниматься биоинформатикой. Те, кто вообще ничего не знал в этой области до поездки на школу, могли заранее получить базовые знания по биологии и генетике с помощью специального онлайн-курса. Программа была разделена на две части в соответствии с компетенциями участников: один поток студентов занимался математикой и информатикой, другой – биологией и медициной. Группа медиков и биологов изучала программирование, статистику и методы анализа данных секвенирования, а группа математиков и информатиков изучала молекулярную биологию и генетику, а также методики применение машинного обучения в биоинформатике. Занятия проводились параллельно для двух групп участников в течение всей школы.

Молодые ученые, которые хотели полностью погрузиться в научную работу, смогли принять участие в разработке реальных проектов, которые были рассчитаны на разный уровень подготовки исследователей. Например, участники школы разрабатывали алгоритмы оценки соотношения раковых клеток к здоровым по сканам человеческой грудной ткани. Исследователи должны были выбрать лучшую методику для автоматического определения количества раковых клеток. В рамках другой научной работы начинающие ученые могли получить знания по методикам секвенирования генома, а том числе тех, которые подразумевают «расшифровку» только тех участков ДНК, которые кодируют белки. Именно в этой части генома мутации могут иметь самые тяжелые последствия для здоровья человека. Также участники школы узнали о методиках машинного обучения для определения аутоиммунных антител, которые приводят к одноименным заболеваниям. Эти заболевания, в свою очередь, сегодня связывают с возникновением болезни Альцгеймера. Анализ антител в сыворотке крови является перспективной диагностикой болезни. Разработчики этого проекта стали победителями конкурса в рамках Летней школы. Также участники занимались научной работой и по другим научным тематикам. Руководителями разработок выступали ведущие мировые ученые.

В качестве лекторов на школу были приглашены ученые из разных областей биоинформатики, медицины и биологии. Например, Елена Григоренко (Baylor College of Medicine, Yale University, University of Houston) рассказала об использовании разных типов полногеномного секвенирования для изучения типичных (нейротипичных) и нетипичных (нейронетипичных) траекторий развития. Андрей Афанасьев (CEO iBinom, сотрудник лаборатории функционального анализа генома МФТИ) выступил на летней школе сразу с несколькими лекциями о современном состоянии биоинформатического рынка и направлениях его развития, о биоинформатике в медицине. Дмитрий Фишман   (University of Tartu, Estonia) прочитал лекцию о работе мозга, о том, как обрабатываются различные сигналы от внешнего мира и как происходит принятие решений на основании полученной информации, об эволюции методов машинного обучения в изучении мозга и о применении Deep Learning в биоинформатике. Также на школе выступили Алла Лапидус (научный советник Института биоинформатики), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Александр Предеус (Институт биоинформатики) и другие ученые.

Также для участников школы прошла однодневная научная конференция. Студенты, аспиранты, сотрудники компаний выступили с докладами о молекулярном атласе человека, о возможностях компьютерного моделирования на основе нейронной сети, проанализировали влияние генетических факторов и курения на риск развития инфаркта миокарда с возрастом и многое другое.

В 2016 году школу поддержали компании JetBrains, BIOCAD, EPAM и Parseq Lab – резидент Технопарка Университета ИТМО. Четвертый год подряд мероприятие поддерживает «Российская венчурная компания», которая, в том числе, развивает проекты в области геномики и системной биологии. Университет ИТМО совместно с Институтом биоинформатики организует выездные семинары по системной биологии.

Наталья Блинникова ,

Редакция новостного портала Университета ИТМО

 
По теме
 
Фото: ru.wikipedia.org В Городском суде Петербурга сегодня проходило рассмотрение апелляционной жалобы по дело ректора Горного университета Владимира Литвиненко против «Делового Петербурга», журналисткам Надежде Федоровой,
19.10.2018
В Центре творческого развития и гуманитарного образования детей «На Васильевском» стартовал цикл программ «Встречи с искусством» - Василеостровский район 12 октября в Центре творческого развития и гуманитарного образования детей «На Васильевском» стартовал цикл интерактивных, образовательных программ для школьников «Встречи с искусством».
19.10.2018
 
Студенты ГУМРФ приняли участие в ознакомительной поездке с объектами ПАО «Газпром» в Республике Башкортостан - ГМА им. адм. С.О.Макарова Студенты Института водного транспорта приняли участие в ознакомительной поездке с объектами ПАО «Газпром» в Республике Башкортостан 25-27 сентября 2018 года студенты Института водного транспорта ГУМРФ имени адмирала С.О.
19.10.2018
Студенты ГУМРФ приняли участие в ознакомительной поездке с объектами ПАО «Газпром» в Республике Башкортостан - ГМА им. адм. С.О.Макарова Студенты Института водного транспорта приняли участие в ознакомительной поездке с объектами ПАО «Газпром» в Республике Башкортостан 25-27 сентября 2018 года студенты Института водного транспорта ГУМРФ имени адмирала С.О.
19.10.2018 ГМА им. адм. С.О.Макарова
Санкт-Петербургский городской суд почти полностью отказал ректору Горного университета Владимиру Литвиненко в иске о защите чести и достоинства за статью о сделках с недвижимостью на Васильевском острове.
18.10.2018 Фонтанка
После такой рекомендации ее уволили [видео] Дмитрий СТЕШИН специальный корреспондент отдела политики Еще Георгий Данелия, устами одного из героев фильма «Киндза-дза», грустно и точно заметил,
13.10.2018 Комсомольская правда
Алена Бобрович Юноша стал свидетелем взрыва Новые подробности о трагических событиях, которые произошли 17 октября, Metro рассказал Артур, член студенческого совета Керчинского политехнического колледжа: - Мне рассказывали,
19.10.2018 Metro Петербург
Тульское отделение ИППО открыло выставку «Семья» в центральной библиотеке Новомосковска - ИППО Выставка посвящена семье Царственных страстотерпцев и представляет собой десять фотопанно, на которых репродуцированы около трёхсот фотографий членов семьи Императора Николая II.
19.10.2018 ИППО
64-летний Игорь Ливанов впервые рассказал неизвестные подробности брака с Ириной и раскрыл тайну своего покойного сына Андрея, которую он хранил много лет. Фото: кадр программы. - Комсомольская правда Бывший муж актрисы Игорь Ливанов рассказал, как нашел в комнате погибшего Андрея десятки дипломов запрещенной в России церкви Ирина СУХАНОВА Актер Игорь Ливанов в программе Бориса Корчевникова «Судьба человека» расска
19.10.2018 Комсомольская правда
Станислав Купцов Об этом сообщили в ГУ МВД по столице Столичные следователи предъявили обвинение в хулиганстве и побоях хавбеку "Краснодара" Павлу Мамаеву и нападающему "Зенита" Александру Кокорину.
19.10.2018 Metro Петербург
Временно исполняющий обязанности Губернатора Санкт-Петербурга провел рабочую встречу с членами Президиума Совета муниципальных образований - Администрация г. Санкт-Петербурга Сегодня Александр Беглов провел в Смольном рабочую встречу с членами Президиума Совета муниципальных образований Санкт-Петербурга.
19.10.2018 Администрация г. Санкт-Петербурга
Нина Петрова Сергей Собянин в своем твиттере поздравил школьников Школьники из Москвы, выступавшие в составе двух российских команд на Международной астрономической олимпиаде в городе Коломбо, привезли домой 4 медали.
19.10.2018 Metro Петербург
В матче регулярного чемпионата в противостоянии двух столиц решающую шайбу забросил шведский защитник СКА Патрик Херсли.
19.10.2018 Мой район
Как заявили в пресс-службе Водоканала, в результате сбросов система водоотведения не нарушена, но лабораторные анализы и поиск источника сбросов продолжаются.
18.10.2018 ИА Невские Новости